Bayrak törenine katılmayan öğretmene verilecek ceza, Milli Eğitim Bakanlığı'nın 20/08/2012 tarih ve 728 sayılı genelgesine göre belirlenir. Bu genelgeye göre, bayrak törenine katılmayan öğretmene, aşağıdaki cezalardan biri uygulanabilir:

1. Uyarma: Öğretmen, sözlü olarak uyarılır.
2. Kınama: Öğretmen, yazılı olarak kınarılır.
3. Aylıktan kesme: Öğretmenin, brüt aylığından 1/20'den 1/4'üne kadar kesinti yapılır.
4. Devlet memurluğundan çıkarma: Öğretmen, devlet memurluğundan çıkarılır.

Cezanın belirlenmesinde, öğretmenin neden bayrak törenine katılmadığı, törenin önemi ve öğretmenin daha önce aldığı disiplin cezaları gibi faktörler dikkate alınır.

Genellikle, ilk kez bayrak törenine katılmayan öğretmenlere, uyarma veya kınama cezası verilir. Ancak, öğretmenin törene katılmama nedeni mazeretsiz ise veya daha önce disiplin cezası almışsa, daha ağır bir ceza uygulanabilir.

Örneğin, öğretmenin törene katılmama nedeni, sağlık problemi veya yakın bir akrabasının ölümü gibi mazeretli bir neden ise, genellikle uyarma cezası verilir. Ancak, öğretmenin törene katılmama nedeni, mazeretsiz ise veya öğretmenin daha önce disiplin cezası almışsa, kınama veya aylıktan kesme cezası uygulanabilir.

Bayrak törenine katılmayan öğretmene verilen ceza, Milli Eğitim Bakanlığı tarafından belirlenir. Bu ceza, öğretmenin çalıştığı il veya ilçe milli eğitim müdürlüğü tarafından uygulanır.