Kirli sularda yaşayan tek hücreli bakteri türleri şunlardır:

1. Sphaerotilus natans: İpliksi bakterilerin en tanınmış olanıdır. Atık su mantarı olarak da adlandırılan bu bakteri kirli sularda, akarsularda görülür. İeker Fabrikalarının tahliye kanallarında, damlatmalı filtrelerde bulunur. Aktif çamur havuzlarında şişkin çamur oluşmasına neden olurlar, yumak oluşmasını engelledikleri içinde çökme olayını engellerler.
2. Metanojenik arkeler (metanojenler): Bu canlılar CO2’yi hidrojen ile birleştirip metan (CH4) gazı oluşturarak enerji elde ederler. Metanojenler, bu enerjiyi besin üretiminde kullanır. 
   CO2 + 4 H2 → CH4 (metan) + 2 H2O + Enerji 
   Zorunlu anaerobdurlar. Oksijen zehir etkisi yapar. Bataklıklarda, kirli sularda, çiftlik gübresinde, çöplerde ve otçulların sindirim sisteminde bol miktarda bulunurlar. Günümüzde pis su arıtımında metanojenik arkelerden yararlanılmaktadır. Ayrıca bazı çiftliklerde, gübre ve çöpler bunların aktiviteleri sonucu metan gazına dönüştürülür ve bu gaz yakıt olarak kullanılır.
3. AMOEBA: Tatlı sularda, kirli su birikintilerinde, nemli topraklarda yaşayan çıplak bir amip cinsidir.