1. Sayfa
BiO 304 Moleküler BiyolojiDr. Hatice MERGEN

---

2. Sayfa
Nükleik AsitlerDNA ve RNA olmak üzere iki grupta toplanır.Nükleotid denilen alt birimlerden meydana gelmiştir.NÜKLEOTİD= BAZ+ŞEKER+FOSFORİK ASİT

---

3. Sayfa
NükleotiDler-Nükleik Asitlerin Yapı Taşları Nükleotid= azotlu baz + pentoz şekeri ( 5 karbonlu) + fosfat grubu içerirlerstyle.visibilitystyle.visibility

---

4. Sayfa
Azotlu bazlar: İki çeşittir9 atomlu, iki halkalı pürinler (Adenin, Guanin)6 atomlu tek halka içeren pirimidinler (Sitozin, Timin, Urasil)A,C,G,T ve U şeklinde simgelenirler.A,G,C DNA ve RNA’da ortak bulunurT->DNA’da, U->RNA’da bulunur.

---

5. Sayfa
Şeker= PentozNükleik aside adını taşıdığı şeker verir.Ribonükleik asitlerde-RİBOZDeoksiribonükleik asitlerde-DEOKSİRİBOZ bulunur.Deoksiribozun ribozdan farkı C-2’ pozisyonunda OH grubu olmamasıdır. style.visibility

---

6. Sayfa

---

7. Sayfa
Nükleozit- baz + şekerNMP = nükleozit + 1 PO4NDP = nükleozit +2 PO4NTP = nükleozit + 3 PO4Nükleik asitlerin yapı taşıdırözel NTPs: ATP & GTPNükleik Asit Kimyasıstyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibility

---

8. Sayfa
Nükleotitlerde BağlanmaNükleotid yapısındaki bağlar son derece özgüldür.Şekerin C-1’ atomu azotlu bazla kimyasal bağ yapar.Pürinlerde N-9, pirimidin ise N-1 atomu şekerin C-1’ atomu ile bağ yapar.Nükleotidlerde fosfat grubu, şekerin C-2’, C-3’ yada C-5’ atomu ile bağ kurar.Bu yapı, biyolojik sistemlerde en yaygın olan ve DNA ve RNA’da bulunandır.style.visibilityppt_xppt_y

---

9. Sayfa
Polinükleotitlerİki mononükletit arasında bağ yapısında, iki şekere bağlı fosfat grubu yer alır oluşan bağ fosfodiester bağıdır, çünkü fosforik asit her iki taraftaki alkol grubu ( iki şekerdeki OH grubu ) ile ester bağı yapar. Aynı bağ, RNA da da bulunur.dinukleotitler & trinükleotitleroligonükleotitler (<20)polinükleotitler (>20)Uzun polinükleotid zincirleri varyasyon sağlamaktadır.1000 nt oluşan bir zincir 41000 kombinasyon ile oluşturulabilir. Levene’nin tetranükleotid hipotezi bu varyasyonu sağlamamaktadır.style.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibility

---

10. Sayfa
Fosfodiester bağları DNA ve RNA’nın kovalent iskeletidir

---

11. Sayfa
DNA Yapısının Aydınlatılması1940-1953 Erwin Chargaff, Maurice Wilkins, Rosalind Franklin, Linus Pauling, Francis Crick, James Watson arasında yarış1953 yılında Nature- “The Double Helix” yayını ile sona ermiştir.Watson- Crick için yapıyı aydınlatmadaki en önemli kaynaklar Hidrolize edilmiş DNA’nın baz kompozisyon analizleri DNA’nın X ışını kırınımı çalışmalarıdır.

---

12. Sayfa
1950’lerin başında iki deney hattının bulguları DNA’nın yapısına ilişkin ipuçlarını ortaya çıkarmıştır. Avusturya kökenli Amerikalı biyokimyacı Erwin Chargaff birçok türdeki DNA’nın eşit miktarda adenin (A) ve timin (T) ve eşit miktarda guanin (G) ve sitozin (C) bazları içerdiğini göstermiştir.Daha sonra İngiliz fizikçi Maurice Wilkins ve İngiliz kimyacı Rosalind Franklin X-ışını difraksiyon tekniğini kullanarak DNA’yı X-ışınları ile bombalamışlar ve sonra da X-ışınlarının kırılma ve yansımalarına göre molekülün yapısı hakkında fikir sahibi olmuşlardır.

---

13. Sayfa
Rosalind Franklin, Watson ve Crick’in DNA yapısını ortaya çıkarmalarında hayati öneme sahip bulgular elde etmiştir. Franklin, DNA’nın iyi çalışılmış kuru kristal “A” formunu ve hücrelerde görülen “B” formu olarak adlandırılan ıslak tipini birbirinden ayırt etmiştir. Mayıs 1952’de çektiği B formunun “51 no’lu fotoğrafı” elde edebilmek için 100 saat uğraşmıştır. Fotoğraftaki belirgin simetri Franklin’e molekülün kusursuz sarmal yapısında olduğunu ve fosfatların pozisyonunu göstermiştir. Franklin uzun zamandan beri DNA’nın genetik materyal için aday olduğunu düşünmektedir.1939’daki kolej günlerinde tuttuğu lab defterinde bir nükleik asit şeklini yanına “Kalıtıma geometrik temel?” şeklinde not düşmüştür.1953’ün başında tüm yapının ortaya çıkarılmasına çok yaklaşmıştır. 30 Ocakta Wilkins, Watson’a Franklin’in 51 no’lu fotoğrafını göstermiştir.

---

14. Sayfa
Yarış sürmektedir. Şubat boyunca ünlü biyokimyacı Linus Pauling DNA için üçlü sarmal yapı önermiştir. Bu sırada Watson ve Crick 51 nolu fotoğraf nedeniyle şeker fosfat iskeletinden emindirler ve dikkatlerini bazlar üzerine çevirmişlerdir. İronik olarak evreka anı sofistike kimya ya da kristalografi ile uğraşırken değil de cardboard kırpıntıları (kesik parçalar) ile uğraşırken gelmiştir. 28 Şubat cumartesi sabahı Watson, Crick ile toplantısına erken gelmiştir. Beklerken dört DNA bazının kesilmiş parçaları ile oynayıp A’yı A ile daha sonra G ile eşleştirmekle meşgul olmuştur. A’yı T’nin G’yi de C’nin yanına getirdiğinde benzer yapılar görmüş ve aniden bütün parçalar yerine oturmuştur. Crick 40 dakika sonra geldiğinde ikili bulmacayı çözdüklerini anlamıştır. Sonunda Watson, Crick ve Wilkins Nobel ödülü’nü kazanmıştır.1958’de Franklin 37 yaşında yumurtalık (ovarian) kanserinden öldüğü için Nobel ödülünü alamamıştır. Çünkü Nobel sadece yaşayan kişilere verilmektedir.

---

15. Sayfa
Baz Kompozisyonu Çalışmaları1949-1953 Erwin Chargaff ve ark.

---

16. Sayfa
Chargaff kuralıHerhangi bir türe ait DNA nın nükleotidlerine parçalandığında serbest kalan nukleotidlerde adenin miktarının timine, guanin miktarının da sitozine daima eşit olduğunun saptanmasıdır. Yani Chargaff kuralı‘na göre doğal DNA moleküllerinde adeninin timine veya guaninin sitozine oranı daima 1’e eşittir. (A/T=1 ve G/C=1)Pürinler= pirimidinler (A+G=T+C)İşte Watson ve Crick bu bulguları değerlendirerek böyle özelliklere sahip DNA makro molekülünün sekonder yapısına ait bir model geliştirdiler.

---

17. Sayfa
X-Işını KırınımıDNA zincirleri X-ışını bombardımanına tutulur ve molekülün atomik yapısına göre saçtığı ışınlar belirlenir. Buna göre;1947- William Astbury DNA’da 3.4 A aralıklarla tekrarlayan yapıların varlığını doğrulamış ve DNA’nın bir çeşit sarmal yapıda olduğunu ileri sürmüştür. 1950-1953- Rosalind Franklin 3.4 A aralıklarla tekrarlayan yapıların varlığını doğrulamış ve DNA’nın bir çeşit sarmal yapıda olduğunu daha saf örnekler kullanara gösterebilmiştir.

---

18. Sayfa

---

19. Sayfa
style.visibility

---

20. Sayfa

---

21. Sayfa
DNA’daki baz eşleşmesi modelin genetik açıdan en önemli özelliğidir. Bu yerleşim nedeniyle eksen boyunca büyük ve küçük oluklar ortaya çıkar. Sağ el sarmalının uzaydaki konformasyonu, Watson Crick’in verilerine en uygun olanıdır.

---

22. Sayfa

---

23. Sayfa
DNA çifte sarmalında zincirler birbirlerinin tamamlayıcısıdır.

---

24. Sayfa
DNA molekülü kendini oluşturan nukleotidlerin sayısına bağlı olarak, büyüklüğü türden türe değişen, uzun zincir şeklinde bir yapı gösterir. İnsanda bu zincirin uzunluğu açıldığında 2 metreye kadar varabilir. Bütün halinde eldesi zincirin hassas ve kırılgan yapısından ötürü çok güçtür.Nukleotidlerin yapısı bazik olmasına karşın oımurgadaki PO4(fosforik asit) grubunun varlığı polinükleotid zincirlerin asit özellikte olmalarına yol açar ve nükleik asit terimi de bu özellikten kaynaklanır.DNA çift sarmalının dikkate değer ve önemli bir özelliği, molekülü oluşturan zincirlerin birbirlerinden kolaylıkla ayrılabilmesi ve yeniden birleşebilmesidir. Protein sentezi ve DNA replikasyonu (kendi kopyasını oluşturması) bu özellik sayesinde meydana gelebilir. DNA’nın iki zinciri, birbirine sadece H bağları ve hidrofobik etkileşimlerle bağlı olmaları nedeni ile, nükleotidleri arasındaki kovalent bağlardaki herhangi bir kopma olmaksızın çözülebilir (denatürasyon). Aynı şekilde çözülmüş molekülün zincirleri tamamlayıcı bazları arasında H bağlarının oluşumu ile birleşip sarmal yapıyı yeniden oluşturabilir (renatürasyon).

---

25. Sayfa
DNA’nın formlarıTek-krista-X-ışını analizi çalışmaları ile 5 A’luk çözünürlük 1 A’a kadar düşürülmüştür.A-DNA right handed (11 baz/ 1 tam dönüş/çap 23 Å)—yüksek tuz kons. Yada dehidrasyon koşullarında baskındır.B-DNA right handed (normal, 10 baz/tdönüş, çap 20 Å)C-DNA right handed (dehydrated, 9.3 bases/turn,19Å)D-DNA right handed (no guanine, 8 bases/turn) E-DNA right handed (no guanine, 7.5 bases/turn)Z-DNA left handed (all GC, 12 bases/turn, 18 Å)P-DNA DNA yapay şekilde uzatılırsa bu formu alır, fosfat grupları iç kısımdaazotlu bazlar sarmalın dış yüzündewhy should we care?Fizyolojik koşullarda rasgele bir DNA dizesinde en stabil form B formudur.A formu su dışında birçok çözeltide oluşan bir formdur.Z formu: sola doğru dönen heliks yapısındadır. Z formu bazı genlerin ekspresyonlarının regulasyonunda rol alabilir.

---

26. Sayfa
Farklı DNA formlarının özellikleri

---

27. Sayfa
Farklı DNA formları

---

28. Sayfa
DNA-RNADouble stranded - single strandedRNA’da T yerine U bulunur.TiplerimRNA, rRNA, tRNAsnRNA (RNA processing)Telomerase RNA (replikasyon)antisense RNA (regulasyon)style.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibility

---

29. Sayfa
DNA ve RNA Araştırmalarında Kullanılan Analitik YöntemlerU.V ışığının soğurulması (254-260 nm arasında en fazla)Çökelme Davranışı- Nükleik asitler çeşitli gradiyent santrifügasyon işlemleri ile ayrılabilirler. Çökelme özelliği molekülün yoğunluğu, kütlesi ve biçimine bağlıdır ve Svedberg katsayısı (S) olarak ölçülür.

---

30. Sayfa
Nükleik asitlerin Denatürasyonu ve Renatürasyonu DNA’nın denatürasyonu sonucu H-bağları kopa, çift zincir çözülür ancak kovalent bağlar kırılmaz. Isı yada kimyasal yolla olabilir.Denatürasyon sırasında DNA akışkanlığı azalır, U.V absorbsiyonu ve denge yoğunluğu artar.Isı sonucu oluşan denatürasyona erime-melting denirIsıtılan DNA’nın U.V absorbsiyonundaki artışa hiperkromik kayma denir.Erime sırasında, DNA’nın 260 nmdeki absorbsiyonu sıcaklığa karşı grafiklenirse br erime profili elde edilir. Bu eğrinin orta noktasına erime sıcaklığı (Tm) denir. DNA zincirinin %50’sinin açıldığı sıcaklıktır.

---

31. Sayfa
DNA’nın ısı ile denatürasyonu

---

32. Sayfa
DNA’nın denatürasyonu

---

33. Sayfa
Kısmen denatüre DNA

---

34. Sayfa
DNA hibridizasyonuDNA çifte sarmalı ve RNA denatüre olabilir.Anneal: Denatüre segmentin tekrar çifte sarmal oluşturmasıFarklı türlerin nükleik asidleri hibrid formlar oluşturabilirler. Türler ne kadar yakınsa hibridizasyon o kadar kolay gerçekleşir.Nükleotidler ve nükleik asidler non enzimatik transformasyona uğrarlar.

---

35. Sayfa
Kromozom Yapısı ve DNA Organizasyonu

---

36. Sayfa
İnsan genomu ≈ 3 x 109 bpİnsan diploidtir, her çekirdek 6 x 109 bp yada ≈ 2 m DNA içerir5-10 mm çapındaki çekirdeğe nasıl sığmaktadır?style.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_c

---

37. Sayfa
DNA molekülünün büyüklüğünün hücrenin boyutları ile kıyaslanması

---

38. Sayfa
DNA’nın Kromozomlarda PaketlenmesiKromozomlar içerdikleri DNA moleküllerinden çok daha kısadırlar. Bu nedenle DNA’nın kromozomlara paketlenmesi için hayli organize bir paketleme sistemi gereklidir. Ökaryotlarda DNA kromatin şeklnde düzenlenmiştir.DNA paketlenmesi ile ilgili ilk veriler 1970’lerde biyokimyasal analizler ve EM çalışmalarından elde edilmiştir.İlk bilgiler DNA’nın DNA-binding proteinler olarak da bilinen histonlar ile ilişkili olduğu idi. Ancak ayrıntılı yapı billinmiyordu.1973-74 yıllarnda birkaç araştırma grubu kromatinler (DNA-histon kompleksi) üzerinde nüklease protection assay’i yapmışlardır. DNA-histon kompleksi enzimlerle muamale edildiğinde DNA sadece histon proteinlerinin yer almadığı bölgelerden kesilmiştir. Yaklaşık 200 bç uzunluğunda pekçok fragment oluşmuştur. Bu gözlem enzimatik parçalanmanın gelişigüzel olmadığını göstermiştir.

---

39. Sayfa
DNA’nın Kromozomlarda PaketlenmesiKromozomlar içerdikleri DNA moleküllerinden çok daha kısadırlar. Bu nedenle DNA’nın kromozomlara paketlenmesi için hayli organize bir paketleme sistemi gereklidir.İnterfaz sırasında, genetik madde ve ilgili proteinler açılırlar ve nükleusun içinde kromatin olarak dağılırlar. Mitoz başladığında kromatin yoğunlaşır ve pofaz sırasında bilinen tipik kromozomlar şeklini alır. Bu yoğunlaşma, her birkromozom ipliğinin boyunun 10.000 kez kısalmasını sağlar.DNA paketlenmesi ile ilgili ilk veriler 1970’lerde biyokimyasal analizler ve EM çalışmalarından elde edilmiştir.İlk bilgiler DNA’nın DNA-binding proteinler olarak da bilinen histonlar ile ilişkili olduğu idi. Ancak ayrıntılı yapı billinmiyordu.1973-74 yıllarnda birkaç araştırma grubu kromatinler (DNA-histon kompleksi) üzerinde nüklease protection assay’i yapmışlardır. DNA-histon kompleksi enzimlerle muamale edildiğinde DNA sadece histon proteinlerinin yer almadığı bölgelerden kesilmiştir. Yaklaşık 200 bç uzunluğunda pekçok fragment oluşmuştur. Bu gözlem enzimatik parçalanmanın gelişigüzel olmadığını göstermiştir.

---

40. Sayfa

---

41. Sayfa
Ada ve Donald Olins, taneciklerin kromatin zinciri ekseni boyunca düzenli olarak yerleştiğini ve bir zincir üzerindeki boncukları andırdığını söylemişlerdir. (v-body, nu, nükleozomlar)Nükleozom-DNA etkileşimi çalışmaları; H2A, H2B, H3 ve H4 histonlarının (H2A)2, (H2B)2, (H3)2 ve (H4)2 şeklinde iki tip tetramer oluşturduğunu göstermiştir. Nükleozom yapısındaki 4 protein: H2A, H2B, H3, ve H4H3 ve H4 are arjinice zengin, yüksek oranda korunmuş H2A ve H2B lizince daha zenginArjinin ve lizin histidin, histon proteinlerinin bazik ve pozitif yüklü olmasına neden olur.Kornberg- tekrarlayan herbir nükleozomda bu iki tetramerden birer tane olduğunu yaklaşık 200 bç lik DNA ile birleştiğini iler sürmüştür.Nükleaz ile parçalama işlemi biraz kısa tutulursa, 200 bç lik DNA’dan bir kısmı nükleozomdan ayrılır ve 196 bç içeren Nükleozom kor Partikülü elde edilir. Bu sayı çalışılan tüm organizmlarda aynıdır.1984- Finch ve Klug X ışını analizleri ile detaylı nükleozom yapısı-196 bç lik çekirdek DNA, nükleozom başına 1.7 dönüş yapacak şekilde histon oktamerinin etrafını sola doğru süper sarmal yaparak sarar.

---

42. Sayfa
Histonlar küçük bazik proteinlerdir

---

43. Sayfa
Nükleozom yapısındaki beşinci protein, H1H1, nükleozomun bir parçasıdır anck oktomerin dışında gibi görülürH1 organizmalar ve dokular arasında farklılıklar gösterir.Ausio Jstyle.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_c

---

44. Sayfa
Nükleozom protein çekirdeği

---

45. Sayfa
2nm çapındaki DNA11 nm çapında nükleozom 30 nm kromatin iplikleri (solenoid) oluşturur.Mitotik kromozom yapısında; sayısız 30 nm solenoidler 300 nm çapında kromatin iplikleri metafaz kromzomundaki kromozom kolları olan kromatidleri oluşturmak üzere kıvrılır700 nm çapında kromatit kardeş kromatitler 1900 nm uzunluğunda kromozom

---

46. Sayfa
A TT AG CC GG CTATAGCC GG CT AA TPackaging DNAHistone proteinsHistoneoctomerB DNA Helix2 nmstyle.visibilitystyle.visibilityppt_xppt_ystyle.visibilityppt_xppt_ystyle.visibilityppt_wppt_hstyle.visibilityppt_wppt_h

---

47. Sayfa
A TT AG CC GG CTATAGCC GG CT AA TPackaging DNAHistone proteinsB DNA HelixHistoneoctomer2 nm

---

48. Sayfa
A TT AG CC GG CTATAGCC GG CT AA TPackaging DNAHistone proteinsHistoneoctomerNucleosome11 nmB DNA Helix2 nmstyle.visibilityppt_xppt_ystyle.visibilityppt_wppt_h

---

49. Sayfa
Packaging DNAA TT AG CC GC GG CT AA THistone H1style.visibilityppt_xppt_y

---

50. Sayfa
DNA PaketlenmesiA TT AG CC GC GG CT AA THistone H1

---

51. Sayfa
DNA PaketlenmesiA TT AG CC GC GG CT AA TProtein scaffold11 nm“Beads on a string”30 nmTight helical fiberLooped Domains200 nmstyle.visibilityppt_xppt_ystyle.visibilitystyle.visibilityppt_xppt_ystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilityppt_xppt_ystyle.visibilityppt_xppt_ystyle.visibilityppt_wppt_hstyle.visibilityppt_wppt_hstyle.visibilityppt_wppt_h

---

52. Sayfa
DNA PaketlenmesiGCATProtein scaffoldMetaphase Chromosome700 nm11 nm30 nm200 nm2 nmLooped DomainsNucleosomesB DNA HelixTight helical fiberstyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilitystyle.visibilityppt_wppt_hstyle.visibilitystyle.visibilityppt_wppt_hstyle.visibilityppt_wppt_h

---

53. Sayfa
Bir ökaryotik kromozomda DNA’nın katlanma modeli

---

54. Sayfa
Kromatin: Bölünmeyen ökaryotik hücredeki kromozomal materyale denir. Amorftur ve nükleus’ta rasgele dağılmıştır.Histon: Bir kromatinde DNA’nın sıkıca bağlantılı olduğu proteinlerNükleozom: Histonlar ve DNA nükleozom adı verilen yapılar üniteler içinde katlanırlar.

---

55. Sayfa
Heterokromatin Yapısı Kromatin Tipleri1928- interfazda kromozomun bazı kısımlarının açılmadan kaldığı ve koyu boyandığı bulunmuştur.Heterokromatin – DNA’nın en fazla kondanse olduğu yerdir, ve genellikle transkripsiyonel aktivesi yoktur. Ya gen içermezler yada yada baskılanmış genleri içerirler. Hücre döngüsünün S fazında ökromatinden daha sonra replike olurlar. Ökaryotik DNAların bazı bölgelerinin protein kodlamadığına dair ilk ipuçlarını vermiştir.Sentromer ve telomer bölgeleri heterokromatinden oluşur.Y kromozomunun büyük kısmı ve Barr cisimciği olarak bilinen inaktif X kromozları hetrokromatiktir.Position effect (Durum etkisi): belirli heterokromatik bölgeler aynı kromozom üzerinde yer değiştirdiğinde ya da homolog olmayan başka bir kromozoma geçtiğinde, bu bölgede genetik olarak aktif olan kısımlar, eğer yanlarına transloke olmuş heterokromatin gelirse bazen inaktif hale geçerler. Yani bir genin yada bir gen grubunun diğer genetik maddeye göre göreceli durumları onların ifadelerini etkileyebilir.Ökromatin – Aktif genlerin yer aldığı bölgelerdir – genellikle daha az kondansedir.

---

56. Sayfa
Kromozom Bantlama TekniğiSitolojik öntemler kullanarak kromozomların uzun eksenleri boyunca farklı boyanmalarını sağlayan bantlama teknikleri geliştirilmiştir.Pardue ve Gall C-bantlama; Kromozom preparatları ısı ile denatüre edilip sonra Giemsa ile boyanırsa özgül boyama profilleri ortaya çıkar.Kromozomların heterokromatin özelliğindeki sentromer bölgeleri boyayı kolaylıkla alır. Caspersson ve ark Q bantlama; metafaz kromozomlarını florokrom kuinakrin mustard ile muamele edip floresan mikroskobunda inceleyerek 23 çift insan kromozomunu ayırt etmişlerdir.R-bantlama; G-bantlarının tersi bir profil gösterir.1971Paris’te, G bant profilleri temel alınarak insan kromozomlarının bant paternlerinin ortak sınıflandırmasını sağlayan bir toplantı yapılmıştır.

---

57. Sayfa
Junk DNA1960 ların sonlarına doğru makalelerde ökaryotik DNA’nın büyük miktarda tekrar eden ve protein olarak kodlanmayan diziler içerdiği rapor edilmiştir. (Britten and Kohne, 1968). 1970, Junk DNA terimi non-coding DNA için kullanılmıştır. (Ohno, 1972). style.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_c

---

58. Sayfa
Junk DNA TipleriNowak (1994) 9 tip junk DNA Bunlar 3 büyük grupta toplanır.Repetitive DNA sequencesUntranslated parts of RNA transcripts (pre-mRNA)Other non-coding sequencesstyle.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_c

---

59. Sayfa
Repetitive DNA Repetitive DNA tipleri: 1. Satellites 2. Minisatellites 3. Microsatellites 4. Short (300 bp) ve Long (up to 7,000 bp) Interspersed Elements (SINEs and LINEs) style.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_cstyle.visibilityppt_c

---

60. Sayfa
Repetitive DNA Genom büyüklüğü ve organizma komleksliği ile arasında bağlantı olmaması ilk yıllarda moleküler biyoloji için bir puzzle olmuştur (C-value paradox). Örn. İnsan genomu, maya S. Cerevisiae genomundan 200 kat daha büyükk iken Amoeba dubia genomundan ise 200 kat daha küçüktür. Bu paradoks genomların büyük miktarda repetitive sekanslar içerebileceklerinin ispatlanması ile çözülmüştür. DNA kategorileri 1. Tek kopya DNA’lar 2. Repetitive DNA’lar (=junk/ignorant/Selfish DNA)

---

61. Sayfa
TanımlarYüksek sayıda tekrarlayan dizeler ( highly repetitive, simple-sequence DNA): Bir hücrede milyonlarca kez tekrarlayan 10 baz çiftinden daha kısa DNA segmentleri (%10).Kısmen tekrarlayan DNA (moderately repetitive): En az 1000 kez tekrarlanan birkaç yüz baz çifti uzunluğunda DNA segmentleri (%20).Satellit DNA: Çoğu ökaryotik kromozomdaki en önemli iki yapı olan sentromer ve telomer ile ilişkili sezyum klorid dansite gradient santrifüjü ile uydu bantlar şeklinde diğer DNA dizelerinden ayrılan temel-DNA dizeleri.Sentromer: Hücre bölünmesi esnasında proteinler için kromozomlara bağlantı sağlayan DNA dizisi içeren bölge.Telomer: Ökaryotik kromozomun uçlarında kromozomu stabilize eden bölgeler.

---

62. Sayfa
Ökaryotik kromozomlar oldukça komplekstir

---

63. Sayfa
Highly Repetitive DNAİnsan a satellit DNA (centromeric) tipik olarak 171 bç uzunluğundadır ve dimer (342 bç) yada 16 tekar (2736 bç) ünitesi halinde bulunurlar. Genellikle minisatellit ve mikrosatellitlerden daha az uzunluk varyasyonlarına sahiptirler.İnsan b satellitler 68 bç lik bir monomerin 30.000-60.000 (2.040.000-4.080.000 bç) kopyası ile oluşmaktadır. Metacentrik kro 9 ve akrosentrik kromozomlar 13, 14, 15, 21, 22’de yer alırlar.

---

64. Sayfa
Middle repetitive DNAİnterspersed repeats Memeli interspersed repeatler genellikle 3 sınıfa ayrılırlar: 1. LINE and SINE repeats (non-LTR yada poly-A retro(trans)posons) 2. LTR retroposonlar (retrovirus-like elements) 3. DNA transposonlar Tandemly repeated DNA 1. Microsatellit DNA (dinükleotidler) 2. Minisatellite DNA (VNTR’s) 3. Çok kopya genler (rRNA)

---