a) Basit enzimler : Sadece proteinden oluşmuş enzimlere " Basit Enzimler" denir. Örnek: Pepsin, tripsin, Kimotripsin. Basit enzimlerde aminoasitler dışında başka yapı taşı bulunmaz.

 

b) Bileşik enzimler (holoenzim= tam enzim): Protein olan esas kısım ve protein olmayan organik veya inorganik yardımcı kısımlardan (kofaktör) oluşan enzimlerdir.

-Protein kısma, apoenzim olarak adlandırılır. Enzimin hangi maddeye etki edeceğini belirler. 

-Yardımcı kısmına ise kofaktör denir. 
Kofaktör kısmı organik (protein dışında) ise koenzim adı verilir. Koenzim olarak görev yapan organik molekül genel olarak B vitaminidir.CoQ10 olarak da bilinen Koenzim Q10, hücrelerde enerji üretimine yardımcı olmaktadır ve hücrelerin mitokondrilerinde saklanan bir bileşiktir. Mitokondri, vücutta enerji üretmekten sorumludur. Ayrıca hücreleri oksidatif hasardan ve hastalığa neden olan bakterilerden veya virüslerden korumaktadır. Bileşik enzimlerde apoenzim veya koenzim-kofaktör kısımları yalnız başına etkin değildir.Yardımcı kısım, apoenzime göre çok daha küçük yapılıdır.