Ökaryot hücrenin yönetim ve kalıtım merkezidir. Hücredeki bütün metabolik olaylar (protein sentezi, büyüme, gelişme ve bölünme gibi) çekirdekte bulunan DNA ile kontrol edilir. Çekirdek çekirdek zarı, çekirdek plazması, çekirdekçik ve kromatin iplik olmak üzere dört kısımda incelenir.

Çekirdek Zarı (Karyolemma)

1. Çekirdeğin etrafı çift zarla çevrilidir. Çekirdek zarında bulunan kanallara por adı verilir.
2. Bu porlar, hücre zarındaki porlardan daha büyüktür ve mRNA gibi büyük moleküllerin sitoplazmaya geçmesini sağlar.
3. Bunun dışında çekirdeğin dış zarının yüzeyinde protein sentezinden sorumlu olan ribozomlar da bulunur.
4. Çekirdek zarı hücre bölünmesi sırasında dağılır. Ancak bölünme tamamlandıktan sonra tekrar oluşur.

Çekirdek Plazması (Karyoplazma)

1. Çekirdeğin içindeki sıvı kısımdır.
2. Sitoplazma sıvısı gibi yarı akışkan bir yapıya sahiptir.
3. Çekirdeğin içindeki bütün yapılar bu yarı sıvı ortamda yerleşim gösterir.

Çekirdekçik (Nükleolus)

1. Mikroskopla incelendiğinde çekirdek içerisinde koyu renkli ve diğer kısımlara göre daha yoğun görülen kısımdır.
2. Çekirdekçiğin zarı yoktur.
3. Yapısında rRNA ve protein bulunur.
4. Ribozomun ve rRNA’nın üretim yeridir.
5. Çekirdek zarı gibi çekirdekçik de hücre bölünmesi sırasında kaybolur ve sonra tekrar oluşur.

Kromatin İplikleri

1. Hücre bölünme aşamasında olmadığı zaman çekirdek plazmasını bir ağ gibi saran dağınık, uzun, ipliksi yapıya kromatin denir.
2. Bölünme sırasında kromatin iplikleri yoğunlaşarak (kısalıp kalınlaşarak) kromozomları oluşturur.
3. Ökaryot hücrelerde ve arkelerin kromatin ipliklerinde histon proteini bulunur.
4. Kromatin iplikleri DNA içerir ve canlıların kalıtsal özelliklerinin belirlenmesinde görevlidir.
5. Hücre bölünmesi tamamlandıktan sonra kromozomlar tekrar kromatin ipliği hâline dönüşür

Çekirdeği olmayan ökaryot bir hücrenin uzun süre yaşamını sürdürmesi mümkün değildir. Çekirdeğin canlılık açısından önemini gösteren bilimsel bir deneyin basamakları ve elde edilen sonuçlar aşağıda verilmiştir:

1. Özdeş (birbirinin aynısı) iki amip hücresi alınır. Birinci amibin sitoplazma ve çekirdeği birbirinden ayrılarak uygun bir ortama bırakılır. İkinci amibin ise sitoplazmasının büyük bir kısmı uzaklaştırılıp çekirdeğin etrafında az miktarda sitoplazma bırakılır.
2. Birinci amibin bir süre sonra hem çekirdek hem de sitoplazmanın canlılık özelliklerini kaybettiği gözlenmiştir.
3. İkinci amibin ise çekirdek içermeyen sitoplazmasının canlılığını kaybettiği, çekirdekli sitoplazmanın ise canlılığını devam ettirerek eksilen kısımlarını tamamladığı ve olgun bir amip hücresine dönüştüğü gözlenmiştir.