Sınıflandırma günümüzde, canlıların akrabalık derecelerine göre yapılmakta ve canlıların tüm biyolojik karakterleri göz önünde bulundurulmaktadır. Bu çeşit sınıflandırmaya doğal (filogenetik) sınıflandırma denir. Filogenetik sınıflandırmada zorunlu kalınmadıkça doku ve organların görev benzerliği dikkate alınmaz. Türleri birbirinden ayırmak için belirli taksonomik karakterler dikkate alınır. Filogenetik sınıflandırmada canlıların akrabalık derecesini tespit etmek için

• DNA ve protein benzerliği,
• Vücut simetrisinin benzerliği,
• Embriyonel gelişim evrelerinin benzerliği,
• Biyokimyasal özelliklerin benzerliği,
• Hücresel yapılarının benzerliği,
• Anatomik benzerlikler,
• Fizyolojik benzerlikler,
• Organların kökeni (homoloji) gibi taksonomik kriterler kullanılır.

Embriyonik kökeni aynı olan, yapı ve gelişimleri birbirine benzeyen, aynı veya farklı fonksiyonları yerine getiren organlara homolog organlar denir. Filogenetik sınıflandırmada doku ve organların homolojisi çok önemlidir. Örneğin balinanın ön yüzgeci; kurbağanın, atın, aslanın ön bacağı; insanın kolu ve kuşun kanadı görevleri farklı olmasına rağmen kökenleri aynı olan homolog organlardır (Görsel 3.8). Bu organlar benzer anatomik yapıya ve fizyolojik özelliklere sahiptir.