Karnıyarık yapılırken iki defa fırında pişirme işleminizi yapılır. Öncelikle patlıcanlar zeytinyağı ile sürülerek fırına verilir. Patlıcanlar 20 dakika kadar yumuşayana kadar fırında pişirilir. Sonrasında ise  iç harç hazırlandıktan sonra patlıcanların içine kıymalı harç doldurulur. İçi doldurulan patlıcanlara sos döküldükten sonra tekrar fırında pişirme gerçekleşir. Karnıyarıklar önceden ısıtılmış 170 dereceye ayarlanan fırında 35- 40 dakika kadar pişirilmektedir. Karnıyarık pişerken mutlaka kontrol edilmesi gerekmektedir.