Mantarlar, yeryüzünde madde döngüsünde görev aldıkları gibi gıda, fermantasyon ve ilaç sanayisi gibi alanlarda da görev alır. Peynir, alkol, antibiyotik ve ekmek yapımında mantarlardan yararlanılır. 
Mantarlar, orman ekosisteminde CO2 salınımını gerçekleştirerek toprağın yapısını, bitki gelişimine hazır hâle getirir. Kültür mantarı yetiştiriciliği ekonomiye önemli katkı sağlamaktadır.

Mantarlar doğadaki madde döngülerinin gerçekleşmesinde etkili olma, besin olarak kullanılma, bazı ilaçlar ve besin yapımı gibi bir çok olayda kullanılır.

1. Mantarlar ölen bitki ve hayvan kalıntılarının çürüyerek toprağa karışmasını sağlar. Bu sayede organik bileşikler daha küçük organik bileşiklere ve inorganik bileşiklere dönüşür.
2. Bitkilerin çoğunda kökün etrafında mantarlar bulunur. Bu ortak yaşamda mantarlar hifleri ile geniş yüzey oluşturur ve bitkinin topraktan daha çok su ve mineral almasına olanak sağlar.
3. Mantarlar kendilerini bakterilerden korumak için bazı maddeleri üretirler. Bugün kullandığımız bazı antibiyotikler mantarların ürettiği bu maddelerden yapılmaktadır.
4. Küf mantarları organik madde artıklarını çürüterek yaşayan mantar çeşitleridir. Bu mantarların ürettiği sporlar salça, ekmek, peynir ve farklı besinler üzerinde gelişerek besinlerin küflenmesine neden olur.
5. İnsanda ağızda, boğazda, üreme organlarında ve deride enfeksiyonlara neden olarak, insan sağlığını etkileyen mantar türleri vardır. Mantarların neden olduğu hastalıklara genel anlamda mikozis denir.