Mustafa, bu okulda okurken babası vefat etti. Ali Rıza Efendi’nin vefatı üzerine, Zübeyde Hanım üç çocuğu ile bir süre Selanik yakınlarındaki Lankaza’da bulunan Rapla Çiftliği’nde subaşılık yapan kardeşi Hüseyin Efendi’nin yanına yerleşti. Çiftlik hayatı nedeniyle  Mustafa’nın öğrenimi ister istemez bir süre aksamıştı. Fakat Selanik’e dönerek halasının yanında, bıraktığı yerden öğrenimine devam etti.

 

Mustafa, Şemsi Efendi Mektebi’nden sonra bir süre Selanik Mülkiye Rüştiyesi’ne devam etti ardından bu okuldan ayrıldı ve 1894 yılının Temmuz-Ağustos aylarında kendi kararı ile Askerî Rüştiye’ye müracaat ederek öğrenimine burada devam etti. Arkadaşları arasında zekâsı ve üstün yetenekleri ile kısa zamanda bu okulda kendisini gösterdi ve öğretmenlerinin sevgisini kazandı.

 

Bu okuldaki matematik öğretmeni Yüzbaşı Mustafa Efendi, genç öğrencisinin yetenekleri ve zekâsı karşısında sınıftaki diğer Mustafalarla aralarındaki farkı belirtmek üzere öğrencisinin adının sonuna "Kemal" ismini ekledi. Genç Mustafa'nın adı artık "Mustafa Kemal" olmuştu.

 

Mustafa Kemal, Selanik Askerî Rüştiyesini bitirdikten sonra 13 Mart 1896’da Manastır Askerî İdadisi’ne girdi. Burada Ömer Naci ile arkadaşlık etti. Ömer Naci, Mustafa Kemal’in hitabet ve edebiyat sevgisinde etkin rol oynadı. Yakın arkadaşlarından biri olacak Ali Fethi (Okyar) de bu okulda öğrenciydi. Genç Mustafa Kemal, askerî öğreniminin yanı sıra yabancı dil öğrenimini de ihmal etmiyordu; yazları izinli olarak Selanik’e döndüğü zaman Fransızca dersleri alıyordu.

 

Genç Mustafa Kemal, Manastır Askerî İdadisi’ni de başarı ile bitirerek 13 Mart 1899 tarihinde İstanbul’da Harp Okulu’na girdi. Üç senelik başarılı bir Harbiye öğreniminden sonra 10 Şubat 1902’de bu okulu teğmen rütbesiyle bitirdi ve öğrenimine Harp Akademisinde devam etti. 1903 yılında üsteğmen oldu. 11 Ocak 1905 tarihinde  kurmay yüzbaşı rütbesiyle Harp Akademisinden mezun oldu.

 

Harp Okulu’nda ve Harp Akademisi’nde de zekâsı, yetenekleri ve üstün kişiliği ile kendisini arkadaşlarına ve hocalarına tanıtmış, onların içten sevgi ve saygısını kazanmıştı. Askerlikle ilgili derslere büyük ilgisinin yanında matematik ve edebiyat dersleriyle güzel söz söylemeye karşı da merakı ve eğilimi vardı. Harp Okulu’nda ve Harp Akademisi’nde, memleket ve millet davalarıyla ilgilenmesi, düşüncelerini cesaretle ifadeden çekinmemesi sebebiyle aydın ve inkılapçı bir subay olarak tanınmıştı. Devir istibdat devri idi ve bu davranışları aleyhine olabilirdi; ancak çevresinde gerçekten çok sevilişi, düşüncelerinde samimi oluşu, onun herhangi bir tertibe kurban gitmesini önlemişti. Bununla beraber Harp Akademisi’nden mezuniyetini izleyen günlerde istibdat ve padişahlık rejimi aleyhindeki düşünceleri ve durumu, şüphe çekerek birkaç ay İstanbul’da tutuklu kaldı; sonra 5 Şubat 1905 tarihinde Suriye bölgesine, Şam’a atandı.