Çatalhöyük arkeolojik kazılarının amaçları, Neolitik döneme ait Türkiye'de bir kültürün yaşam tarzını, sosyal yapısını, ekonomik faaliyetlerini ve inançlarını araştırmaktır. Ayrıca, kazılar, Çatalhöyük'te nasıl bir yerleşim yapısı olduğunu, hangi teknolojilerin kullanıldığını, ne gibi malzemelerle inşa edildiğini ve hangi sanat formlarının ortaya çıktığını ortaya çıkarmak için yapılmıştır.

Kazılar ayrıca, Neolitik dönemde insanların nasıl bir tarım ve hayvancılık yaptığını, ne gibi yiyecekleri tükettiklerini ve hangi türleri yetiştirdiklerini öğrenmek için yapılmıştır. ayrıca, Çatalhöyük'te nasıl bir toplumsal yapının olduğunu, cinsiyet, yaş ve sosyal statü gibi faktörlerin nasıl etkilediğini, hangi tür inançların var olduğunu ve hangi tür sanat ve kültürel etkinliklerin yapıldığını öğrenmek için yapılmıştır.

Kısacası Çatalhöyük kazıları Neolitik dönem insanlarının hayatını, sosyal yapısını, ekonomik faaliyetlerini, inançlarını ve sanatlarını anlamaya yönelik yapılmıştır.