Thomson atom modelinde nötronlardan söz edilmemiştir. Yalnızca elektron ve protonlardan bahsedilerek hesaplamalar yapılmıştır. Bu sebeple nötronlar Thomson atom modelinde eksik kalmıştır. Atomda bulunan pozitif ve negatif yükler Thomson’ın söylediği gibi rastgele dağılmamıştır. Atom, kendi içinde bir düzene sahiptir. Proton ve nötronlar çekirdekte yer alırken, elektronlar çekirdeğin etrafında belli yörüngelerde dolaşır. Artı yükler atomda yalnızca çekirdekte bulunduğu için hacimsel olarak küçük bir yer kaplamaktadır. Thomson ise atomun genelinin pozitif yüklerden oluştuğunu söylemiştir. Sonraki çalışmalarda Thomson’ın modelindeki yanlışlık giderilmiştir.

Elektronlar atomda çekirdeğin dışında yer alır ve sürekli hareket halindedir. Artı yüklerin içinde gömülü halde değildir. Ayrıca atom hacminin büyük çoğunluğu çekirdek etrafında yörüngesel halde bulunan elektronlar kaplar. Thomson atom modelinde olduğu gibi eksi yükler küçük bir hacimde değildir. Thomson, kendisinden sonra çalışmalar yapan Rutherford ve Bohr atom modellerinin temelinin atılmasını sağlamıştır.