Hristiyan felsefesinin bazı problemleri şunlardır:

1. Tanrı’nın Varlığının Kanıtı Problemi
2. Kötülük Problemi
3. Ruhun Ölümsüzlüğü Problemi
4. Tümeller Problemi

1) Tanrı’nın Varlığını Kanıtlama Problemi

Ontolojik kanıtlama; Tanrı kavramından çıkar ve mantıksal olarak onun varlığını kanıtlamaya yöneliktir. Hristiyan felsefesinde Anselmus tarafından ileri sürülen bu kanıtlama yolu, daha yetkini düşünülemeyen ve tasarlanamayan anlamıyla Tanrı’nın insan zihninde bulunmasını, Tanrı’nın var olduğuna kanıt olduğunu belirtir. Buradan hareketle Tanrı’nın mutlak olarak var olduğu sonucuna ulaşır.

Kozmolojik kanıtlama; her şeyin bir nedeni olduğu fikrine dayanarak evrende var olan bütün varlıkların kendinden önce gelen bir varlık nedeniyle var olduğunu söyler. Geriye doğru gidildiğinde mantıksal olarak bir ilk varlığın olması gerektiğini ve o varlığın Tanrı olduğunu ileri sürer. Bu kanıtlama yolu, Aristoteles’in ilk neden görüşü etkisinde Aquinalı Thomas tarafından ileri sürülmüştür.

2) Kötülük Problemi

Kötülük problemi, Hristiyan felsefesinde pek çok problemle ilişkilidir. Kötülük, Tanrı’nın varlığına kanıt probleminde Tanrı’nın var olmadığına yönelik delil olarak sunulmuştur. Tanrı, kötülüğü kaldırmıyorsa ve kötülük de varsa o hâlde Tanrı yok çıkarımında bulunanlar olmuştur. Bu çıkarım; başta Tanrı’nın varlığını kabul edip sonunda Tanrı yoktur çıkarımına ulaşınca, güçsüz bulunarak eleştirilmiştir.

3) Ruhun Ölümsüzlüğü Problemi

Ruh, bedenden bağımsız ve bedenden önce yaratılmıştır. Maddi bir yapı olmayan ruh; değişmez, sonsuz ve ölümsüzdür. Ruh, Tanrı’dan ayrılmıştır ve ona geri dönecektir. Beden ve ruh karşıtlığı aynı zamanda ruhun ölümsüzlüğünün kanıtıdır. 

4) Tümeller Problemi

Terim anlamıyla tümel, belli bir sınıfın tüm bireylerini içine alan genel kavramları işaret etmek için kullanılır. Tümellerin ne olduğu ve nerede bulunduğu üzerine felsefede derin tartışmalar yapılmıştır.